Nummer 3 ist eher ein Tipp und zwar: Legt für alle Shopify Connectoren eine eigene Wurzelkategorie in JTL-Wawi an.
JTL selbst schreibt dazu:
In Shopify gibt es nur ein Kategorie-Level. Aus diesem Grunde wird ein Artikel, der einer Unterkategorie angehört, bei einem Abgleich der jeweilig höchsten übergeordneten Kategorie (Level 1) zugeordnet.
Von daher wäre es ratsam eine eigene Wurzelkategorie für den Connector anzulegen.